Sexta 20 Outubro 2017

bpca

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1. Descrição

O Biplot de Dados Multivariados Aplicado aos Componentes Principais (Biplot of Multivariate Data Based on Principal Components Analysis - bpca) é um pacote para o R.

Possui muitos recursos que possibilitam e facilitam o uso da análise biplot aplicada aos componentes principais no R. Permite a análise numérica da qualidade da redução da dimensionalidade, métodos para a contrução de gráficos (2D e 3D) muito sofisticados e informativos.

É um projeto registrado sob a Licença Pública Geral GPL, sendo portanto software livre.

2. Objetivo

O objetivo do desenvolvimento do pacote bpca foi aumentar o suporte do ambiente R a esse tipo de análise, pois é uma das principais técnicas multivariada de redução da dimensionalidade (para variáveis numéricas) da atualidade.

No início de seu desenvolvimento (2007/2008) o R oferecia muito poucos recursos para esse tipo de análise. Nessa época, o primeiro autor, então fazendo pós-doutoramento na ESALQ/LCE com ênfase em Análise Multivariada em Ambientes Computacionais de Código Aberto, sentiu falta de recursos mais avançados no R para realizar análises biplot mais sofisticadas. Esse foi o início do atual pacote. Dai por diante, progressivamente, foi ganhando novos recursos (alguns por solicitação dos usuários, outros por doação de código) até chegar ao estágio de desenvolvimento atual.

3. Principais características

  • Redução e plotagem via componentes principais para 2D e 3D
  • Diagnóstico da qualidade da redução
  • Várias opções de reprojeção
    • Escolha de variável
    • Escolha de objetos
    • Etc
  • 4 métodos de fatoração:
    • hj (Simetric: Preserva métrica das variáveis e colunas, Galindo)
    • sqrt (Squared root - simetric: Preserva métrica das variáveis e colunas, Gabriel)
    • gh (Column metric preserving: Preserva métrica das variáveis ou colunas, Gabriel)
    • jk (Row metric preserving: Preserva métrica dos objetos ou linhas, Gabriel)
  • Várias opções de centralização e padronização
  • Aceita como input objetos das classes:
    • Data-frame
    • Matriz
    • prcomp

4. Autores

5. Coloboradores efetivos

  • À espera de voluntários!
    • O último foi o Ivan Bezerra Allaman que acabou se tornando co-autor em reconhecimento às excelentes contribuições (doação e otimização de código fonte) ao projeto

6. Download

  • Versão estável: CRAN
  • Versão de desenvolvimento: GitHub

7. Algumas citações (encontradas na web) do uso do software

  • HJ-BIPLOT
  • HJ-Biplot como herramienta de inspección de matrices de datos bibliométricos
  • The Nuclear Effector of Wnt-Signaling, Tcf1, Functions as a T-Cell–Specific Tumor Suppressor for Development of Lymphomas
  • High-Resolution Transcriptome of Human Macrophages
  • Bi Plots
  • Analisis multivariante ambiental de los melojares de Quercus pyrenaica Willd. de Sierra NevadaAntonio Jesús Pérez Luque. Trabajo Fin de Master. Master Oficial en Estadıstica Aplicada. Universidad de Granada. 2011.
  • The geographical and environmental determinants of genetic diversity for four alpine conifers of the European AlpsE. MOSCA; A. J. ECKERT; E. A. DI PIERRO; D. ROCCHINI; NICOLA LA PORTA; P. BELLETTI and D.B. NEALE. Molecular Ecology. doi: 10.1111/mec.12043. 2012.
  • Distribution and cluster analysis of predicted intrinsically disordered protein Pfam domainsRobert W Williams; Bin Xue; Vladimir N Uversky and A Keith Dunker. Intrinsically Disordered Proteins 1:1, e1. April/May/June. Landes Bioscience. 2013.
  • Efeitos dos gradientes ecológicos e antrópicos na estrutura e densidade populacional de Caryocar brasiliense Cambess. (pequizeiro) no Cerrado do Planalto Central. Aelton Biasi Giroldo. Universidade de Brasília. Instituto de Ciências Biológicas. Departamento de Ecologia. Programa de Pós-Graduação em Ecologia. 2012
  • VARIABILIDADE ESPACIAL DE ASSOCIAÇÕES DE POLIQUETAS AO LONGO DE UM GRADIENTE DE CONTAMINAÇÃO POR ESGOTOS NO CANAL DA COTINGA (BAÍA DE PARANAGUÁ, BRASIL)HELIATRICE LOUISE HADLICH. Dissertação apresentada como requisito parcial à obtenção do grau de Mestre em Sistemas Costeiros e Oceânicos. Curso de Pós-Graduação em Sistemas Costeiros e Oceânicos. Centro de Estudos do Mar. Setor de Ciências da Terra. Universidade Federal do Paraná. 2010.
  • Land-Use Intensification in Grazing Systems: Plant Trait Responses and Feedbacks to Ecosystem Functioning and ResilienceEtienne Laliberté. A thesis submitted in partial fulfilment of the requirements for the Degree of Doctor of Philosophy in the University of Canterbury by Etienne Laliberté. School of Forestry University of Canterbury. 2011.
  • Metabolic potentialthrombolitic mats oflithifying cyanobacteria-dominatedJennifer M. Mobberley. Jamie S. Foster and Christina L. M. Khodadad. Photosynth Res DOI 10.1007/s11120-013-9890-6. 2013.
  • BiplotGUI: Interactive Biplots in RJournal of Statistical Software. June 2009, Volume 30, Issue 12. http://www.jstatsoft.org/.

8. Tutorial

  • Links para tutoriais do bpca (em breve)!