Sequenciador de última geração é instalado no Centro de Biotecnologia e Genética da UESC

 

No periodo de 02 a 05 de novembro de 2014, aconteceu no Centro de Biotecnologia e Genetica (CBG) da UESC a instalação e treinamento para operação do sequenciador de nova geração (Next Generation Sequencing, NGS) MiSeq da Illumina (foto da esquerda). Esta máquina é uma das 60 do mesmo modelo instaladas na America Latina, uma das aproximadamente 30 já presentes no Brasil, e a primeira instalada no Estado da Bahia. Ela permite o sequenciamento de pequenos genomas (ex. genoma de fungo), metagenomas (ex. amostras de solo, de água), genes e amplicons alvos, bem como análise de expressão de genes (transcritômica por RNA-seq), entre outras aplicações. Com os mais recentes reagentes desenvolvidos pela Illumina, este sequenciador é capaz de gerar até 15 Gb de dados com 25 milhões de reads (tamanho de um read 2x300 pb) em apenas 2,5 dias, o que corresponde, por exemplo, a sequenciar 300 vezes o genoma completo do fungo causador da vassoura-de-bruxa (Moniliophthora perniciosa) em apenas 2,5 dias.

 

Antes desta tecnologia, este procedimento levaria mais de um ano de trabalho. Além disso, o MiSeq pode analisar até 384 amostras em uma única corrida, o que permite inúmeras aplicações em um tempo reduzido. Este equipamento foi adquirido através da aprovação do projeto «Atualização da plataforma de genômica e expressão gênica da UESC» (FAPESB) coordenado pelo Dr. Carlos Priminho Pirovani (foto abaixo). Os primeiros experimentos a serem desenvolvidos contarão também com o apoio (para compra de reagentes) de um outro projeto aprovado na FAPESB (Chamada Pública Nº 003/2014 - Apoio a Programas de Pósgraduação Stricto Sensu Acadêmicos) sob a responsabilidade do Dr. Alex-Alan Furtado de Almeida, coordenador do PPGGBM da UESC. Estes projetos envolvem uma rede de pesquisadores qualificados vinculados a instituições da Bahia, tais como a Ceplac, a Universidade Estadual de Feira de Santana (UEFS) e a Embrapa Mandioca e Fruticultura (CNPMF), e tratam de analisar os mais variados assuntos da pesquisa biológica e agronômica.

 

A instalação do MiSeq foi acompanhada de um curso teórico-pratico ministrado pelo Dr. Gustavo Gasparin, técnico especialista em aplicações científicas da Illumina. O curso téorico contou com a presença de 24 participantes; foram apresentadas a principais caraterísticas do equipamento e dos kits/reagentes associados, as aplicações do sequenciador, bem como os principais passos de uso. A parte prática, que foi aberta a 3 pesquisadores e 1 técnico do CBG (Dra. Fernanda Gaiotto, Dra. Virginia Fontes Soares, Dra. Fabienne Micheli e Horlei Vitória Ribeiro) consistiu na confecção de 4 bibliotecas de DNA genômico e no sequenciamento de 2 delas. Dentre os participantes do curso teórico, além do pessoal da UESC, estavam presentes pesquisadores e alunos da UEFS e da Embrapa CNPMF. A UESC já ocupou um papel de destaque entre os anos de 2002 e 2008, na área de genômica com a atuação do grupo de Genética e Biologia Molecular em um Consórsio Nacional de Sequenciamento de Genomas. A tecnologia daquela época se tornou absoleta e pouco competitiva para o sequenciamento de genomas. Com a instalação do sequenciador MiSeq de última geração no CBG da UESC serão impulsionadas as pesquisas envolvendo genômica estrutural, genômica funcional e metagenomas direcionados à caracterização de novos organismos de interesse econômico, compreensão de patossistemas, prospecção de genes, proteínas e operons inteiros. Isto culminará no aumento da produção científica e formação de recursos humanos qualificados, propiciando uma melhor avaliação dos programas de pós-graduação pela CAPES. Além disso, a aquisição deste equipamento mantém a UESC e o Estado da Bahia em uma condição de destaque na realização de pesquisas na área de genômica e expressão gênica.

Participantes do curso prático de instalação e uso do sequenciador MiSeq. Da esquerda para direita: Dra. Fabienne Micheli (Cirad/UESC, responsável do Laboratório de Biologia Molecular do CBG), Dr. Carlos Priminho Pirovani (UESC, coordenador do projeto FAPESB e responsável do Laboratório de Proteômica do CBG), Horley Vitória Ribeiro (UESC, técnico do Laboratório de Marcadores Moleculares) e Dra Fernanda Gaiotto (UESC, responsável do Laboratório de Marcadores Moleculares do CBG).

 

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