A criação do Programa de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecular (PPGGBM) foi formalizada por resolução do Conselho de Ensino Pesquisa e Extensão da Universidade Estadual de Santa Cruz, em 29 de setembro de 2001. O PPGGBM é reconhecido pela CAPES, possuindo conceito 5 (obtido na avaliação trienal de 2013, referente ao triênio 2010-2012).
Este programa de pós-graduação tem por objetivo formar profissionais altamente qualificados para atuarem no ensino e na pesquisa na área Genética e Biologia Molecular. O curso de Mestrado tem duração de 24 meses e Doutorado de 48 meses, em regime de dedicação exclusiva em tempo integral. Os estudantes deverão cumprir um mínimo de 24 créditos para o Mestrado ou 36 créditos para o Doutorado.
O PPGGBM conta com uma excelente infraestrutura como resultado da atração de recursos em editais de apoio a projetos estruturantes da FINEP, FAPESB e de fundos do Governo do Estado da Bahia. Essa inclui o Centro de Biotecnologia e Genética (CBG), um complexo com área útil de 850 m2 que abriga oito laboratórios (Cultura de Tecidos Vegetais, Proteômica, Genômica, Biologia Molecular, Marcadores Moleculares, Citogenética, Biotecnologia Microbiana, Imunologia e Biologia de Fungos) e ambientes de uso comum, como salas de esterilização, lavagem, tratamento de água e descarte de materiais e casa-de-vegetação.